Deportarile au fost o forma a represiunii politice puse în practica de autoritaţile sovietice. De organizarea deportarii s-a ocupat Biroul politic al CC al PC (b.) al URSS, iar structurile NKVD-iste au fost baza logistica a mecanismului deportarii.

În mai 1941,Culai Igor a fost numit împuternicit al partidului şi guvernului sovietic în Moldova. Peste o saptamâna, la 31 mai 1941, Goglidze i-a trimis lui Stalin o Rugaminte (rus. Prosiba), în care relata ca în Basarabia au activat multe partide şi organizaţii burgheze.

Dupa alipirea Basarabiei la URSS, conducerea acestor formaţiuni politice s-au refugiat în România. Ramaşiţele acestor partide şi organizaţii, fiind susţinute activ de serviciile româneşti de spionaj, şi-au intensificat activitatea antisovietica. Acelaşi document includea în categoria elementelor antisovietice şi moşierii, comercianţii, poliţiştii şi jandarmii, albgardiştii, primarii, refugiaţii din URSS şi alte elemente sociale straine. În legatura cu activizarea acestor elemente, Goglidze ruga sa fie stramutate în regiunile îndepartate de nord şi est ale URSS 5.000 de familii.

Ca baza juridica a stramutarii a servit Regulamentul cu privire la modul de aplicare a deportarii faţa de unele categorii de criminali, aprobat în mai 1941.

La 7 iunie 1941, NKVD al RSS Moldoveneşti a cerut 1315 vagoane pentru transportul deportaţilor.

Deşi directivele veneau de la Moscova, cei care le-au executat au fost din Basarabia. Oamenii noi ai bolşevicilor erau avansaţi în posturi şi susţinuţi în activitatea profesionala.

Listele cu deportaţi au fost facute de NKVD pe baza de delaţiuni, ţinându-se cont de pregatirea şi activitatea capului familiei, de averea sa şi de faptul ca a colaborat cu administraţia româneasca.

Operaţiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 (ora 2.30) şi a cuprins teritoriile anexate de URSS de la România în iunie 1940.

Urmau sa fie ridicate 32.423 persoane, dintre care 6.250 sa fie arestate, iar restul 26.173 de persoane - deportate (inclusiv 5.033 persoane arestate şi 14.542 persoane deportate din RSS Moldoveneasca).

De obicei, o echipa formata din doi-trei militari înarmaţi şi un lucrator al securitaţii batea la geamul casei, în plina noapte, luând prin surprindere gospodarii. Într-un sfert de ora sa fiţi gata!, acesta era ordinul care li se dadea oamenilor cuprinşi în spaima de cele întâmplate, neînţelegând unde merg şi de ce. Deseori, printre cei care veneau sa ridice oamenii se gasea şi binevoitorul sau binefacatorul care a denunţat familia şi, astfel, ajuta NKVD-ul sa depisteze elementele periculoase.

Deportaţilor le era permis sa ia câte 10 kg de fiecare persoana, numai ca, de multe ori, tot ce era mai de preţ sau mai util în bagajele celor deportaţi le împarţeau între ei cei care i-au ridicat în miez de noapte. Îndata, erau urcaţi în camioane sau chiar - în unele sate - în caruţe, fiind duşi pâna la gara de trenuri.

În staţiile de cale ferata, membrii fiecarei familii erau separaţi în felul urmator: capii de familii într-o parte, tinerii peste 18 ani în alta parte, iar femeile cu copii mici şi batrânii - aparte. A urmat îmbarcarea în vagoanele de marfa, câte 70-100 persoane, fara apa şi hrana. Pe vagoane scria: Tren cu muncitori români care au fugit din România, de sub jugul boierilor, ca sa vina în raiul sovietic. Ieşiţi-le în cale cu flori! sau Emigranţi voluntari.

În Basarabia, 90 vagoane au pornit din staţia Taraclia, 44 vagoane - din staţia Basarabeasca, 44 vagoane - din staţia Cauşeni, 48 vagoane - din staţia Tighina, 187 vagoane - din staţia Chişinau, 48 vagoane - din staţia Ungheni, 83 vagoane - din staţia Ocniţa, 133 vagoane - din staţia Balţi, 73 vagoane - din staţia Floreşti, 40 vagoane - din staţia Râbniţa, 38 vagoane - din staţia Bolgrad, 103 vagoane - din staţia Arţiz, 340 vagoane - din staţia Cernauţi.

Drumul spre punctele de destinaţie a durat vreo doua-trei saptamâni. Condiţiile erau îngrozitoare. În plina vara, ei duceau lipsa de apa potabila, fiecaruia revenindu-i doar câte 200 grame de apa pe zi, iar de mâncare li se dadea doar peşte sarat. La fiecare oprire a trenului, în câmp se aruncau cadavre, care, fie ca erau îngropate sumar, fie ca erau lasate ca hrana animalelor.

Pe parcursul drumului, deportaţilor nu le-a fost acordata nici o asistenţa sau consultaţie medicala. Astfel, în vagoanele murdare şi fara asigurarea celor mai elementare condiţii sanitare s-au raspândit diverse boli infecţioase şi mulţi suferinzi au decedat din aceasta cauza. La unele gari feroviare, câtorva persoane li se permitea sa iasa pentru câteva minute afara, la aer curat. Cineva era trimis dupa apa potabila. În cazul tentativelor de evadare, imediat se dadea ordinul de împuşcare, astfel ca nu era nicio posibilitate reala de a scapa din acel tren al morţii.

Contingentul deportat era distribuit în felul urmator: capul familiei, arestat, era izolat de soţie şi copii şi dus în lagarul de munca forţata, în GULAG. Ceilalţi membri ai familiei erau trimişi în Siberia sau Kazahstan.

Cei deportaţi în Siberia sau Kazahstan, de la copil la batrân, erau repartizaţi la munca în întreprinderile industriei silvice, în sovhozuri şi în cooperative meşteşugareşti. Pentru munca depusa nu erau remuneraţi echitabil, ci li se achita doar un minimum necesar pentru trai.

Dintr-un raport fragmentar al GULAG-ului din lunile septembrie-octombrie 1941 aflam ca, în toamna acelui an, deportaţii din RSSM au fost amplasaţi în RSS Kazaha (9.954 persoane), RASS Komi (352), regiunile Omsk (6.085), Novosibirsk (5.787) şi Krasnoiarsk (470). În Kazahstan, deportaţii din RSSM se aflau în regiunile Aktiubinsk (6.195 persoane), Kîzîl-Ordînsk (1.024) şi Kazahstanul de Sud (2.735), iar în regiunea Omsk erau dispersaţi în 41 de raioane.

Numarul celor deportaţi se ridica la peste 22.000 de persoane. Dupa alte surse, numarul deportaţilor ar fi fost de 24.360 ^[6] , sau chiar de 30.000 de persoane.